口袋妖怪火红火红叶绿中可以捕捉到多少只精灵
玩家通过游戏流程、版本通信及特定活动，理论上可以捕捉并收集的宝可梦总数为386只，这构成了游戏的全国图鉴。游戏的核心玩法始终贯穿于捕获及培养神奇宝贝并进行神奇宝贝对战。作为口袋妖怪红/绿的增强重制版，本作在保留原版关东地区151只宝可梦的基础上，极大地扩展了可遭遇的精灵范围，将收集目标延伸至丰缘地区等更广阔的宝可梦世界，为玩家提供了远超初代的收集体验。收集图鉴在游戏中具有重大意义，因为有些道具需要依靠收集一定数目的图鉴才能获得。
玩家主要活动在关东地区，可以遭遇并捕获包括最初的三只御三家在内的众多宝可梦。初始的妙蛙种子、小火龙或杰尼龟在游戏开始时由大木博士赠予。在常磐森林可以遇到绿毛虫和独角虫，华蓝市左侧的草地有机会遇到小火龙，而皮卡丘则可以在常磐森林中寻找。流程推进，玩家会获得冲浪术等秘传技能，从而探索水域，遇见更多种类的水系宝可梦。完成一周目、成为冠军后，游戏进入二周目，玩家可以前往七之岛等新区域，那里栖息着许多关东地区未出现的宝可梦，进一步丰富了可收集的种类。
游戏内包含了多只传说的宝可梦与幻之宝可梦，它们的捕捉是完成全收集的关键与难点。关东地区经典的三神鸟各有其固定的捕捉地点：急冻鸟位于双子岛最深处，闪电鸟在无人发电站最深处，火焰鸟则在火焰山山顶。超梦位于超梦山洞的最深处。通关之后，玩家在二周目还可以前往特定岛屿，在草丛或海中遭遇并捕捉凤王、洛奇亚等更多传说的宝可梦。而像雷公、炎帝、水君这三圣兽，则会在通关后根据玩家最初选择的御三家，随机出现在关东地区的草丛中，捕捉它们需要一定的耐心和技巧。梦幻作为幻之宝可梦，在官方版本中无法通过正常游戏流程获得，需要借助绿宝石版参与特定活动才能取得。
需部分宝可梦的获取存在版本差异或特殊条件。游戏中某些稀有宝可梦在各区域的出现率仅为1%。像胡地、耿鬼、怪力等需要通过通信交换才能进化的宝可梦，对于单人玩家而言，在缺乏联机条件时则无法完成其最终形态的收录。游戏内的一些固定赠送，如在金黄市百货大楼楼顶小屋中获取的伊布，是唯一得到的机会，不容错过。口袋妖怪火红/叶绿为玩家设计了一个庞大而富有层次的收集系统，从随处可见的普通宝可梦到隐藏深远的神兽，收集全部386只宝可梦是一项需要周密计划、充分探索并可能借助外部通信才能完成的终极挑战。
